O município tem origem numa igreja fundada pelos jesuítas no século XVII. A povoação foi elevada a sede de município em 1732 com a designação de São Miguel da Barra do Rio das Contas. Passou a ter a designação actual em 1931.

Quatro eventos estatisticamente improváveis fizeram Itacaré um lugar especial e com alto grau de preservação:

1.Tem uma formação geológica única no Nordeste Brasileiro, aonde a faixa costeira tem solo fértil e falésias rochosas, e por isso a Mata Atlântica avança até o mar.

2. A cultura agrícola predominante foi o cacau, que precisa da sombra da Mata Atlântica para ser plantado, se fosse cana de açúcar ou café toda a mata teria sido toda cortada.

3. O município cresceu muito entre 1890 e 1940 graças ao cacau, mas nos anos 40 o porto da cidade assoreou e a cidade ficou isolada porque as estradas eram muito ruins, esse isolamento impossibilitou o crescimento até a construção da Estrada Ilhéus-Itacaré em 1998.

4.Em 1993 o Governo do estado da Bahia criou uma APA - Área de Proteção Ambiental - antes de construir a estrada em 1998, dando regras ao crescimento da cidade. Essa APA estimulou o desenvolvimento de Itacaré como destino de ecoturismo e não de turismo de massa.

5.Hoje Itacaré é um dos principais centros turistícos do litoral sul baiano, se destacando como principal ponto de surfe do estado